主要從事大腸癌、乳腺癌、胃癌、肝癌、胰腺腫瘤等腹腔腫瘤基礎實驗研究和臨床治療研究。王錫山教授深入鉆研大腸癌、乳腺癌及腹腔腫瘤臨床病理學特征及其生物學特性。開展了青年期、老年人、胃、結直腸癌特點研究，對胃、結直腸黏液腺癌的深入研究，提出擴大根治術加生物治療模式，開展乳腺癌雌、孕激素受體研究，率先開展保留乳頭的乳腺癌根治術。在大腸癌方面開展保肛理論依據，微轉移端粒酶活性、蛋白質譜、納米粒子、干細胞，癌基因抑癌基因等大腸癌轉移復發的機制研究。在國內提出直腸癌選擇性擴大根治術的理念，率先提出以齒狀線作為低位、超地位吻合保肛手術判定標準的概念。王錫山教授擅長結直腸癌的擴大根治術，保留盆腔植物神經功能性擴大根治術，低位、超低位吻合保肛手術，聯合臟器切除的復雜手術（兩次接受中央電視臺科技之光采訪）。為了最大限度的保存病人功能，積極開展微創手術，2005年院內率先開展腹腔鏡下膽囊切除術、右半結腸根治術、直腸癌保肛手術，省內第一例腹腔鏡下直腸癌腹會陰聯合切除術。同時，開展手助式腹腔鏡下結直腸癌根治術。近期開展了下腹部弧形橫切口入路，骶尾入路的直腸癌根治術，經陰道入路早期直腸前壁腫瘤切除，在保證患者根治手術的同時，大大提高了患者的生存質量；國際上率先提出保留大網膜的結直腸根治術，保留直腸壺腹的全結腸切除術。他主編的11部衛生部手術音像教材以及到國內多省市和著名大學手術演示和講學。對規范結直腸癌的手術治療起到了積極的推動作用。 學術地位及取得成果：現任黑龍江省龍江學者 特聘教授；黑龍江省優秀中青年專家；五四青年獎章獲得者；廈門大學 客座教授；中國抗癌協會大腸癌專業委員會 副主任委員；黑龍江省抗癌協會 副理事長；黑龍江省醫學會腫瘤專業委員會 主任委員；黑龍江省抗癌協會大腸癌專業委員會 副主任；黑龍江省抗癌協會腫瘤轉移專業委員會 主任委員；黑龍江省老年腫瘤專業委員會指導委員會 副主任委員；黑龍江省腔鏡外科專業委員會委員；中華醫學會東北三省腸外腸內營養支持專業委員會 常委；中華胃腸外科雜志 編委；中華實驗外科雜志 編委；中華普外科手術學雜志（電子版） 編委；消化腫瘤雜志（電子版） 編委；中國實用外科雜志 編委；腫瘤研究與臨床雜志 編委；國際免疫學雜志 編委等職務。發表醫學論文70余篇，其中SCI收錄6篇，EI收錄1篇，參編結直腸癌專著4部，主編出版衛生部音像教材11部，《直腸癌根治術》（上）（下）、《癌性腸梗阻的處理》、《橫結腸癌根治術》、《左半結腸癌根治術》、《全結腸癌切除術》、《乙狀結腸癌根治術》、《右半結腸癌根治術》、《結腸部分切除術》、《全結腸切除術》、《胃癌根治術》、《胰十二指腸切除術》、《直腸癌根治術》。多次獲得省部級獎勵。先后參與承擔包括國家十一五科技支撐計劃，國家自然科學基金，黑龍江省杰出青年基金等十余項國家級省級科研課題。

擅長結直腸癌的擴大根治術，保留盆腔植物神經功能性擴大根治術，低位、超低位吻合保肛手術，聯合臟器切除的復雜手術（兩次接受中央電視臺科技之光采訪）。在國際上率先完成經自然孔道直腸癌根治術（NOTES），轉變了對外科治療的理念，完成內臟手術可以不經過體表入路。