肛腸科是濰坊市重點專科建設單位，成立于中醫院建院伊始，在我市享有較高聲譽，是我市唯一集醫療、教學、科研為一體，具有中醫、中西醫結合特色，專業診治各種大腸肛門疾病的正規化專科。設有門診、病房、檢查室、手術室、電療室、換藥室、腸鏡室、中藥坐浴室等。該科診療技術先進，開展了低位直腸腺瘤經肛門摘除術、混合痔外剝內扎術、肛周膿腫一次性根治術、痔上粘膜環切術（PPH手術）、肛裂閉合側切術、直腸及肛門狹窄松解術、直腸陰道瘺、復雜性肛瘺等手術，既減少了病人的痛苦，又降低了醫療費用。同時，引進了國內外的一些高新技術，如注射、冷凍、激光、電離子、射頻及美國強生PPH新技術。該科設備先進、齊全，在我市率先引進日本產奧林巴斯電子結腸鏡Q260系統，配有高清晰顯示屏幕，不僅能正確診斷各種大腸疾病，而且能行腔內手術和藥物治療，如大腸息肉，最大優點是不經腹開刀，免除手術之痛，技術水平與上級大醫院基本持平。科室現有醫護人員12名，主任醫師1名，主治醫師3名，先后多次派醫師到北京、上海、青島、濟南、濰坊等地進修學習，并每年參加國家級、省級專業學術班。對大腸肛門病的常見病、多發病、疑難病的診斷和治療有豐富的臨床經驗。該科認真貫徹落實中醫藥適宜技術的推廣，深入開展中醫藥工作，不斷提高臨床醫師的中醫診療水平。中藥灌腸治療各種直腸炎、結腸炎及潰瘍性結腸炎等腸病，都取得了很好的療效。多種中藥自制制劑獲省藥監局的中藥制劑批準文號并取得較好的臨床療效，“潤腸丸”治療習慣性便秘，“痔愈靈”治療內痔、外痔、混合痔、肛裂等，健脾理中丸治療慢性泄瀉，生肌玉紅膏促進術后傷口生長，硝礬散治療肛門濕疹、肛門瘙癢、肛門皮炎，經臨床應用效果顯著。該科全體醫護人員愿以精湛的醫療技術，先進的醫療設備，優質的服務內涵，為廣大大腸肛門病患者排憂解難。